濃縮膠和分離膠的PH值不同，前者主要表現(xiàn)為濃縮效用，后者表現(xiàn)為電荷效用和分子篩效用。
濃縮效應(yīng)主要在濃縮膠中完成，濃縮膠的pH6.8，在這個(gè)pH條件下，緩沖液中的HCl的Cl離子幾乎全部解離，Gly的等電點(diǎn)為6.0，僅少數(shù)解離為負(fù)離子，在電場中移動(dòng)速度很慢。酸性蛋白質(zhì)在此pH下解離為負(fù)離子，三類離子的遷移速率為Cl>一般蛋白質(zhì)>Gly，電泳開始后，Cl離子泳動(dòng)快，在其后留下一個(gè)低離子濃度區(qū)。Gly在電場中移動(dòng)很慢，造成移動(dòng)離子的缺乏，于是快慢離子間就形成了一個(gè)缺少離子的高壓區(qū)，在高壓區(qū)內(nèi)所有的負(fù)離子都會(huì)加速移動(dòng)，當(dāng)移到Cl離子區(qū)域時(shí)，高電壓消失，蛋白質(zhì)的移動(dòng)速度慢下來，當(dāng)以上穩(wěn)定狀態(tài)建立后，蛋白質(zhì)樣品在快慢離子間被濃縮形成一個(gè)狹小的之間層，并按蛋白質(zhì)所帶負(fù)電荷量的多少依次排列成帶，濃縮樣品，從濃縮膠進(jìn)入分離膠后，膠的pH升高，Gly的離解度增大，泳動(dòng)率上升，又因?yàn)樗肿有。食^所有的蛋白質(zhì)分子，緊跟在Cl離子后，Cl離子遷移后，低離子濃度不再存在，形成了恒定的電場強(qiáng)度，因此，蛋白質(zhì)樣品在分離膠中的分離主要取決于它的電荷性質(zhì)，分子大小和形狀，分離膠的孔徑有一定大小，對(duì)不同相對(duì)質(zhì)量的蛋白質(zhì)來說，通過時(shí)收到的滯阻作用不同，即使靜電荷相等的顆粒，也會(huì)由于這種分子篩的效應(yīng)，把不同大小的蛋白質(zhì)相互分開。
· 濃縮膠的濃度小，起到濃縮的作用，**濃縮膠和分離膠的界面。
而后，分離膠濃度大，起分離的作用。